1948년 정부수립과 함께 일제에 협력했던 친일파를 청산하기 위한 반민족행위처벌법을 제정하여 특별검찰부 특별재판부를 두고 친일파들에게 사형, 무기징역, 재산몰수, 공민권정지 등을 규정했다. 1949년 1월 8일 박흥식을 체포함으로써 본격적인 활동에 들어가 김연수, 최린 등을 체포하고 이광수, 최남선, 윤치호, 노덕술, 조선일보 방응모 등 7,000여명을 조사하고 559건을 검찰로 송치했다.
그러나 친일파들은 이승만의 정권장악과 유지에 부역하면서 "친일파를 처단하자고 하는 자는 빨갱이"라는 궤변으로 반민특위를 방해하고 무력화 시켰다. 이승만은 담화를 통해 친일파 처단은 국회가 나설 일이 아니라며 견제하기 시작하더니 친일반역자 처단에 맞서 국회 프락치 사건을 일으켜 독립운동가 출신 국회부의장 김약수를 남로당과 연관이 있다며 간첩혐의로 구속시켰다. 그리고 이승만의 지시를 받은 친일경찰간부 서울경찰서장 윤기병은 각 경찰서에서 차출한 80명의 경찰관을 동원하여 반민특위 사무실을 습격하여 반민특위 조사원 40여명과 특별검찰부장을 경찰서에 감금하였다. 결국 반민특위는 경찰에 의해 무력으로 해산 당하였다. 이승만은 자신이 반민특위를 해산하였다고 밝혔다.
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